Seit dem Jahr 2006 wird der Gerda Henkel Preis in zweijährigem Turnusan Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler verliehen, die in einer von der Stiftung geförderten Disziplin der historischen Geisteswissenschaften herausragende Forschungsleistungen erzielt haben.
Zu den Disziplinen zählen: Archäologie, Geschichtswissenschaften, Historische Islamwissenschaften, Kunstgeschichte, Rechtsgeschichte Ur- und Frühgeschichte sowie Wissenschaftsgeschichte. Es können auch Wissenschaftler/innen vorgeschlagen werden, die auf dem Gebiet der Heritage Studies, der Historischen Bauforschung, der Kulturwissenschaft, Politikwissenschaft, Rechtswissenschaft, Restaurierung und Konservierung sowie der Sozialwissenschaften tätig sind.
Der Gerda Henkel Preis wird international ausgeschrieben. Die Stiftung wendet sich an Universitäten sowie namhafte kulturelle und wissenschaftliche Institutionen und fordert Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler dieser Einrichtungen auf, geeignete Kandidaten zu benennen. Nominiert werden können Einzelpersonen sowie Teams aus mehreren Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern. Eigenbewerbungen sowie die Nominierung von Organisationen sind nicht möglich. Mitglieder der Stiftungsgremien und der Jury sowie Mitarbeiter und Mitarbeiterinnen der Gerda Henkel Stiftung können weder ein Vorschlagsrecht ausüben noch nominiert werden.